بدأ قسم الآثار والمتاحف في برنامج الدراسات العليا على مستوى الماجستير في العام 1408/1409هـ أما على مستوى الدكتوراه ففي العام 1412/1413هـ. ولقد رأى القسم الضرورة العلمية في البدء ببرنامج الدراسات العليا بعد أن اكتسب خبرة في مجال الدراسات النظرية والعملية المشتملة على التنقيبات (الحفريات) الآثارية. يهدف برنامجي الماجستير والدكتوراه إلى:
1- إعداد فئة من المتخصصين في علم الآثار والمتاحف بمستوى أعلى من مرحلة البكالوريوس بهدف سد الحاجة الوطنية بالكوادر المتعلمة.
2- إثراء المعرفة الإنسانية عن التراث الحضاري للمملكة العربية السعودية بصفة خاصة والجزيرة العربية بصفة عامة.
3- إثراء المادة الأثرية والتراثية الحضارية عن المملكة العربية السعودية من خلال الدراسات والبحوث المكتبية والأعمال الميدانية لطلاب الدراسات العليا.