تحتفظ عمادة شؤون المكتبات ممثلة بقسم المجموعات الخاصة بمصدر مهم من مصادر المعلومات المقتناة بالمكتبة وهي المطبوعات النادرة ويقصد بها المطبوعات المنشورة في المائة سنة الأولى من تاريخ الطباعة في أي بلد، وقد ينخفض هذا المدى الزمني إلى خمسين سنة في بعض الدول حديثة العهد بالطباعة مثل دول الخليج العربي. ويبلــغ إجمالي عــدد المطبوعات النادرة المتاحة بمكتبات الجامعة (5657) عنوانًا، تقع في (8503) مجلدًا, تُحفظ المطبوعات النادرة بقسم المجموعات الخاصة بالطابق الثالث بمبنى مكتبة الأمير سلمان المركزية.