انطلاقا من أهمية التعاون العربي في هذا المجال الذي يمثل أداة هامة من أدوات التكامل العربي، يهدف البرنامج المقترح للتعاون العربي في مجال التعليم العالي والبحث العلمي إلى تحقيق الأهداف التالية:

1-    تنسيق الجهود المبذولة عربيا والعمل على تكاملها ومواكبة التطور في الدول المتقدمة والاستفادة منها في اقتراح تطوير سياسات ومنظومة  التعليم العالي والبحث العلمي.

2-     تبادل الخبرات داخل الوطن العربي والاستفادة من الخبرات العالمية المميزة من خلال تنظيم المؤتمرات العلمية التي تجمع العلماء العرب بهدف دراسة ومناقشة آخر التطورات في شتى مجالات العلوم .

3-     تشجيع ودعم التميز و الابتكار في البحث العلمي في الدول العربية، و ذلك من خلال تشجيع التعاون ما بين العلماء في الجامعات العربية بغية توظيف المعرفة في خدمة التنمية في الدول العربية. 

4-    دعم جهود التعاون من خلال تأسيس قواعد بيانات و فرق بحث عربية متخصصة وبرامج للتبادل بين الجامعات العربية وتطوير القدرات العلمية والتقنية للباحثين ومساعديهم في الوطن العربي.