تتمتع الواحة بشخصية اعتبارية مستقلة ( مالياً وإداريا ً) تحت مظلة جامعة الملك سعود ويشرف عليها ويدير أعمالها ويضع سياستها مجلس الأمناء.
مجلس أمناء الواحة:
يشرف مجلس أمناء الواحة على إدارة أعمال الواحة برئاسة مدير الجامعة وله كامل الصلاحيات الإدارية والمالية ويختص بوضع السياسات والاستراتيجيات اللازمة لتحقيق رسالة وأهداف الواحة.
اللجنة التنفيذية:
يكون لمجلس الأمناء لجنة تنفيذية يرأسها أحد أعضاء مجلس الأمناء وتفوض هذه اللجنة الصلاحيات الإدارية والمالية اللازمة للإدارة التنفيذية.
الهيكل التنظيمي:
يتكون هيكل الواحة التنظيمي من عدة مستويات إدارية يقع مجلس الأمناء في أعلاها , وتندرج تحته اللجنة التنفيذية التي تشرف على تنفيذ السياسات والاستراتيجيات ويرتبط بها مدير الواحة , ويشرف مدير الواحة على الوحدات التالية: التسويق وخدمات العملاء والاستثمار والعقود , وإدارة الخدمات المساندة والشئون العلمية والتقنية , والشئون الإدارية والمالية