بدأت فكرة إنشاء الجمعية السعودية للجهاز الهضمي عام 1405 حيث رأى عدد من المهتمين بالأنشطة العلمية للجهاز الهضمي أن تجمع الجهود المتفرقة في مؤسسة علمية سعودية موحدة. وفي الواقع، فإن الأنشطة العلمية الفعالة مثل نادي الجهاز الهضمي وبعض الدورات العلمية القصيرة كانت قائمة قبل ذلك بجهود فردية من بعض الرواد في هذا المجال.

وفي 11/8/1408 وافق المجلس العلمي بجامعة الملك سعود (حيث أنها الجهة الوحيدة المصرح لها بإقرار الجمعيات العلمية آنذاك) على إنشاء الجمعية السعودية للجهاز الهضمي.