صدرت الموافقة على إنشاء أوقاف الجامعة في عام 1428هـ، وتعد أحد أهم الموارد المالية الذاتية المستدامة؛ إذ تسهم في الأنشطة التي تعمل على نقل الجامعة للعالمية بدعم أنشطة البحث والتطوير والتعليم؛ لتعزيز اقتصاديات المعرفة، ودعم العلاقة بين الجامعة والمجتمع، وتوفير مستقبل مالي مستدام للجامعة. وقد أُسّس مشروع” أبراج الجامعة“ بعدد (8) أبراج بوصفه مشروعاً استثمارياً يقام على موقع متميز من أرض المدينة الجامعية، وتحتوي على خدمات الضيافة والفندقة المرتبطة بمجموعة فندقية عالمية، وأبراج مكتبية، وطبية، وخدمات للمؤتمرات والاجتماعات والاحتفالات، إضافة إلى الخدمات التجارية والأسواق. وقد بذلت أمانة أوقاف الجامعة جهوداً حثيثة في تسويق المشروعات والأبراج الوقفية، تكللت بتأجير كامل المشروع لجهات حكومية وخاصة. وتحقيقاً لهدف رؤية المملكة ٢٠٣٠ برفع مساهمة القطاع غير الربحي في إجمالي الناتج المحلي، وإيجاد قنوات تمويل متنوعة في القطاعات غير الربحية، ومنها الجامعات السعودية، وكذلك تعزيز العلاقة بين الجامعة والمجتمع، ففي عام 1442هـ أُسّس صندوق وقفي استثماري مع البنك الأهلي التجاري؛ لتعزيز ثقافة العطاء، وقنوات التبرع بالجامعة، وإيجاد موارد مالية ثابتة ودائمة؛ لتلبية احتياجات البرامج التعليمية والبحثية بالجامعة.